샌디에이고 주립대학교는 캘리포니아 주립대학교 시스템 소속이다. 대학교 시스템이란 미국에서만 운영하는 특수 시스템으로 하나의 시스템 아래 여러 캠퍼스가 각각 독립성을 유지하면서 통합적으로 운영되는 것을 말한다. 샌디에이고 시와 샌디에이고 카운티를 포함한 지역에서 가장 크고 가장 긴 역사를 지닌 고등교육기관이다. 총 23개 대학으로 이루어진 캘리포니아 주립대학교 시스템 소속 대학들 가운데 세 번째로 오랜 역사를 지니고 있다. 심리학과 사회학 분야가 주목 받고 있으며 심장질병, 공중보건, 지진과학, 해양생물학 분야에서 연구가 활발하게 이루어지고 있다.
1897년 3월 13일 2년제 초등학교 교원 양성 교육기관인 샌디에이고 사범학교(San Diego Normal School)로 출발했다. 개교 당시 7개 학부에 91명의 학생들이 등록했다. 1912년 4년제 대학으로 승격되면서 교명을 샌디에이고 주립교육대학(San Diego State Teachers College)으로 변경하고 주교육위원회 소속이 되었다. 교직 이외의 과목에 대해 학위를 수여하던 대학은 1935년 샌디에이고 주립대학(San Diego State College)으로 교명을 변경하였다. 1960년 지금의 캘리포니아 주립대학교 시스템 소속이 되었다. 1970년대 초 주의회의 결정에 따라 지금의 이름인 샌디에이고 주립대학교(San Diego State University)로 교명을 확정하였다.
2011년 기준 예술대학, 경영대학, 교육대학, 공과대학, 보건복지대학, 직업연구 및 파인 아트(순수예술)대학, 과학대학 등 7개 단과대학에 84개 학사 프로그램, 76개의 석사 프로그램, 16개의 박사 프로그램이 운영 중이다. 미국 대학들 가운데 6번째로 중남미 출신 미국 이주민인 히스패닉계 학사 학위자를 많이 배출했다. 전 세계 44개국의 대학들과 협력 및 학생 교환 협정서를 체결하였으며, 국제학생교환프로그램(ISEP)을 통해 전 세계 35개국에서 교환 프로그램을 운영하고 있다. 2004년 미국 디지털 무선통신제품 및 서비스 전문업체인 퀄컴(QUALCOMM)으로부터 1,450만 달러를 지원받아 설립한 퀄컴 혁신 및 교육성공연구소(QUALCOMM Institute for Innovation and Educational Success)에서는 수학 및 공학교육 프로그램을 지원하고 있다. SDSU 간호사 양성(SDSU Nurses Now) 프로그램은 10개 이상의 지역 병원 및 건강 단체들과 협력하여 지역의 간호사 부족 문제를 해결한다. 대학 소속 연구기관으로는 생명과학센터, 연안해역실험실, 미국언어연구소 등이 있다. 1905년 미국의 철강왕 앤드루 카네기(Andrew Carnegie, 1835~1919)의 기부금을 바탕으로 설립된 카네기 재단에 의해 ‘연구 실적이 좋은 연구 중심 대학’이라는 평가를 받았다. 이것은 미국 내 연구 중심 대학들 가운데 상위 200위 내에 해당한다는 의미를 지닌다. 전임교원 1인당 학생 수는 21명이다.